A história de São João Batista começou quando o Capitão João de Amorim Pereira fundou próximo aos rios Alto Braço e Tijucas um povoado chamado São João Batista do Alto Tijucas Grande, e 1834. Seu desmembramento aconteceu em 1958. A cidade antigamente era dedicada à agropecuária e hoje destaca-se em cenário estadual na produção de calçados. Em janeiro e fevereiro, a cidade realiza a Feira do Calçado Catarinense.
